Действие мультфильма разворачивается в 1925 году на суровой и заснеженной Аляске. Главный герой – Балто, пёс необычного происхождения: он наполовину собака, наполовину волк. Из-за этого ездовые собаки часто насмехаются над ним и не принимают в свою упряжку. Однако Балто мечтает стать полноценным членом команды и участвовать в знаменитых гонках на собачьих упряжках. В сердце Балто живут чувства к красивой и доброй хаски по имени Дженна, которая относится к нему с сочувствием и теплотой. В это же время вожак упряжки, коварный пёс Стилл, испытывает к Дженне ревность и пытается помешать отношениям Балто и Дженны.
В тот же период на Аляске начинается опасная эпидемия дифтерии, угрожающая жизни многих детей в местных поселках. Среди заболевших – девочка Рози, хозяйка Дженны. Чтобы спасти больных, необходимо доставить жизненно важные лекарства из другого штата, ведь самолёты не могут долететь из-за метелей и плохой погоды. Единственный способ – доставка на собачьих упряжках, которые способны преодолевать огромные расстояния в сложных климатических условиях. Несмотря на желание Балто помочь, в упряжку его не берут – вместо него за лекарствами отправляется Стилл и его команда.
Во время сильной метели упряжка Стилла теряется в снежной буре, и сроки доставки лекарства критически сдвигаются. Жизнь заболевших детей становится всё более угрожающей. Отправлять новую упряжку слишком рискованно, но Балто решает не оставаться в стороне. Вместе с Дженной, забавным гусём Борисом и двумя игривыми медвежатами по имени Мак и Лак, он отправляется на поиски пропавшей упряжки, преодолевая множество опасностей леса и непогоды. Это путешествие становится настоящим испытанием для всех участников, но благодаря смелости и решимости Балто, им удаётся найти потерявшихся и доставить лекарства.
Мультфильм основан на реальных событиях 1925 года, когда состоялась знаменитая гонка на собачьих упряжках – «серу путевого письма», цель которой была доставить противодифтерийную сыворотку в город Ном, спасая тысячи жизней. История Балто стала символом храбрости и преодоления, а в центре Нью-Йорка установлен памятник этому героическому псу, увековечивающий его подвиг и верность.
