История начинается с приключений молодого ниндзя Боруто Узумаки, который сталкивается с могущественным врагом по имени Каваки. Этот таинственный противник причинил значительный ущерб деревне Коноха и её жителям. Боруто часто размышляет о своем отце, Наруто Узумаки, который стал Седьмым Хокаге и несет ответственность за безопасность и развитие деревни, одновременно воспитывая новое поколение ниндзя. Однако юноша чувствует внутренний конфликт, так как Наруто зачастую ставит интересы деревни выше семьи, что вызывает у Боруто чувство отчуждения.
Боруто становится членом особой команды под руководством Конохамару Сарутоби, ученика Наруто и внука Третьего Хокаге. В команду также входят Сарада Учиха, дочь Саске и Сакуры, и Мицуки — таинственный молодой шиноби, созданный Орочимару. Взаимодействие и развитие этих персонажей раскрывают новые стороны мира ниндзя, демонстрируя как традиции, так и инновации в искусстве шиноби.
Когда Саске возвращается в деревню с важным предупреждением об угрозе, нависшей над Конохой, Боруто настойчиво просит его обучить технике и стратегии, необходимым для успешного прохождения экзамена Чунина. Во время самого экзамена на деревню обрушиваются могущественные враги — Момошики и Киншики, загадочные существа из иного мира, обладающие силой, способной разрушить всё на своем пути. Они похищают Наруто, чтобы использовать его связь с Курамой — девятихвостым лисом, запечатанным внутри Хокаге, а также попытаться воскресить древнее существо по имени Синдзю.
В ответ на это вызов, Боруто объединяется с Саске и четырьмя Каге — лидерами четырёх влиятельных деревень шиноби. Вместе они отправляются на решающую миссию по спасению Наруто и предотвращению катастрофы мирового масштаба. Во время ожесточённой битвы Боруто становится настоящим героем, проявляя смелость и мастерство. Момошики, умирая, предупреждает Боруто о грядущих испытаниях и скорби, которые ожидают его в будущем. После сражения Боруто принимает решение стать стражем мира и справедливости, подобно Саске, защищая тех, кто ему дорог.
Позже Саске вместе с Боруто допрашивает пойманного врага и узнает о загадочной организации «Кара». Эта группа охотится на людей, отмеченных Меткой Разрушения, среди которых есть и сам Боруто. «Кара» представляет собой мощную и таинственную силу с неизвестными целями, угрожающую не только Конохе, но и всему миру шиноби. Теперь команда Боруто сталкивается с новой миссией — раскрыть секреты «Кара» и предотвратить надвигающуюся опасность.
Помимо основных событий, стоит добавить, что мир Боруто развивается под влиянием современных технологий, что отличает его эпоху от времени Наруто. Использование научных инструментов и новых форм дзюцу создает уникальные вызовы и возможности для молодых шиноби. Также особое внимание уделяется отношениям между поколениями, где наследие прошлого встречается с прогрессом будущего, отражая тонкие нюансы взросления и поиска собственного пути.
