Подросток по имени Шиничи Кудо с самого детства увлекался книгами о знаменитом детективе Шерлоке Холмсе, что глубоко повлияло на его мировоззрение и образ жизни. Шиничи обладал выдающимися аналитическими способностями и умением замечать даже самые незначительные детали, что позволяло ему успешно помогать полиции в раскрытии сложных преступлений в своем городе. Его талант и страсть к расследованиям прославили его как юного гения детектива.
Однако судьба резко изменилась во время одного из дел — Шиничи оказался захвачен опасной преступной группировкой, известной как «Черная организация». Чтобы избавиться от свидетеля, преступники заставили его принять экспериментальную таблетку, которая должна была убить его без следа. Но неожиданно лекарство не убило Шиничи, а уменьшило его возраст, превратив семнадцатилетнего подростка в ребёнка семи лет. Это событие заставило его скрываться и работать под новым именем — Конан Эдогава, взятым в честь своих любимых писателей Артура Конан Дойля и Рюноскэ Эдогавы.
После трансформации даже профессор Агацума Агаса, талантливый ученый и друг Шиничи, не смог сразу найти способ вернуть подростка в нормальное состояние. Вместе они разработали множество устройств и гаджетов, которые помогали Конану продолжать расследования, скрываясь от криминалов. Конан поставил перед собой цель — найти и разрушить Черную организацию, которая ответственна за его превращение и множество других преступлений.
Особую роль в истории играет Шихо Мияно, ранее известная под кодовым именем «Ай». Она была одной из ученых, участвовавших в создании опасной таблетки. После трагической смерти сестры Шихо решилась на самоубийство, съев экспериментальное лекарство, но также превратилась в ребёнка. Теперь под именем Ай она учится в одной школе с Конаном. Вместе они начинают тесно сотрудничать, а также Конан помогает агенту ЦРУ Волжину, действующему под прикрытием и борющемуся с Черной организацией изнутри.
Кроме того, в сюжете присутствуют такие ключевые персонажи, как Ран Мори — лучшая подруга и возлюбленная Шиничи, а также детективы полиции Мегуро и Такаги, которые участвуют в раскрытии преступлений. Благодаря своим уникальным навыкам Конан холодной логикой и внимательностью к мелочам раскрывает сложнейшие преступления, поднимая борьбу с преступностью на новый уровень.
