Главные герои – Аска и Мари, которые должны доставить очень важный контейнер из Космоса на Землю. Они выигрывают битву и привозят контейнер под номером «Ева 1», но его похищают, чтобы оживить мальчика, а потом убить его, надев на шею специальный ошейник, который должен помешать ему восстановить «Еву 1». Корабль, на котором путешествовал Синдзи, атакуют неизвестные враги. Отразив атаку, мальчишке становится известно, что корабль «Ева 1» является мощным источником энергии, которая необходима для другого корабля, принадлежащего корпорации, которая охотится на все Евы и хочет их уничтожить. Также он узнает, что на корабле «Ева 1» Синдзи провел долгих 14 лет, но за это время, пока он находился в открытом Космосе, его тело совершенно не изменилось, а его организм не постарел. Вскоре после этих событий с мальчиком связывается Рей, которая, как он думал, погибла.
Она – пилот «Евы 9». Девушка зовет Синдзи к себе в команду, и мальчишка соглашается. Прибыв в секретную штаб квартиру, которой управляет его отец, Синдзи узнает, что отцу придется освоить новый корабль «Еву 13». У мальчика возникает множество вопросов, но его отец не хочет раскрывать секреты, и не рассказывает мальчику о тайнах «Евы».
