В далеком будущем технология достигла таких высот, что была создана огромная межгалактическая железнодорожная сеть, соединяющая разнообразные планеты и галактики. Люди могут путешествовать по космосу с помощью скоростного поезда, известного как Экспресс 999. Земля теперь управляется загадочным Темным Повелителем, который установил на планете эпоху кажущейся идиллии. Благодаря его власти жители Земли живут в изобилии и комфорте, не испытывая нужды. Однако это изобилие привело к духовному застою и упадку, и люди постепенно утратили стремление к развитию и самосовершенствованию. В глазах инопланетян землян стали считать слабыми и незначительными.
Главный герой истории — Тэцуро Хосино, сирота, выросший в сердце новой столицы Земли. Его мать была жестоко убита, и он даже не смог должным образом похоронить ее. Этот трагический момент стал для Тэцуро толчком к решимости отомстить за свою семью и найти правду. Когда власть Темного Повелителя решила казнить его посредством расщепления на атомы, в момент казни на большой скорости в здание врезался Экспресс 999. Его пассажирка Мэтэл спасла Тэцуро, выхватывая его из смертельной ловушки и приглашая отправиться с ней в путешествие через бескрайние пространства космоса.
Несмотря на внутренние сомнения и страх, Тэцуро принимает вызов и садится на борт Экспресса 999, отправляясь в длинное, порой бесцельное странствие. На каждой планете, где делает остановку поезд, он встречает множество разумных существ и узнает о их культуре, традициях и борьбе за свободу. Эти знакомства меняют его мировоззрение, открывая глаза на то, насколько велик и разнообразен мир за пределами Земли. От Мэтэл он узнает о темных замыслах Темного Повелителя — планах по тотальному контролю не только Земли, но и множества других миров, а также о жестоких репрессиях и ужасах, которые он готов обрушить на тех, кто осмелится сопротивляться.
Экспресс 999 — не просто средство передвижения, а символ свободы и надежды для многих угнетенных народов галактики. Его маршруты пролегают через опасные звездные системы, где царят межпланетные конфликты, коррупция и угнетение. В процессе путешествия Тэцуро не только обретает друзей и союзников, но и постепенно раскрывает в себе силу и решимость стать тем, кто сможет бросить вызов Темному Повелителю и вернуть Земле её свободу и честь.
