Кобато появилась в мире людей не случайно. У нее есть чёткая цель — исполнить своё заветное желание, которое она лелеет много времени. Для этого ей предстоит пройти через серию специальных заданий, направленных на помощь обычным людям. Ее миссия заключается в том, чтобы облегчать их душевные страдания, поддерживая и утешая в трудные моменты.
Эта задача для Кобато отнюдь не кажется непосильной, ведь она обладает уникальной способностью: она может забирать у людей грусть, тревогу и негативные эмоции, заключая их в маленькую волшебную бутыль. Чем больше добрых дел она совершит, тем быстрее бутылочка наполнится, а с ней — и путь к исполнению её заветного желания. Чтобы помочь ей освоиться в мире людей и направить в нужное русло, к Кобато вскоре присоединяется наставник, обладающий опытом и знаниями.
Однако наставник нарушает один из законов мира, из-за чего его превращают в обычную игрушку. Несмотря на это, Кобато продолжает выполнять свою миссию, хотя иногда ей мешает собственная наивность и инфантильность. Это создает сложности в общении с людьми, поскольку девушка не всегда может понять их чувства и поступки. Тем не менее, наставник поддерживает Кобато и старается вдохновить её. Вместе они оказываются в самых неожиданных и забавных ситуациях, что добавляет их приключениям особого шарма и глубины.
