Мультфильм «Конец Черной топи» повествует историю о главных героях — Лешем, Водолее и Бабе-Яге, которые вот уже несколько лет живут на болоте, ведут свой быт и никому не приносят вреда. Но однажды, глубокой темной ночью, над болотом с громким шумом пролетают вертолет и очень большой самолет, которые сильно пугают жителей болота.
Чтобы разобраться, в чем же дело, и кто посмел потревожить размеренную жизнь лесных обитателей, главные герои отправляются в разведку, где узнают ужасную новость. Болото, которое стало для них родным домом, хотя осушить, а на его месте построить новые дороги.