В аниме «Ямато: Новое Путешествие» мы вновь становимся свидетелями масштабного сражения Империи Черной Туманности. Ее армия занимает крупную укрепленную базу на Земле и начинает полномасштабное вторжение. Параллельно показывается флот Черного Небулана, который уничтожает космические флоты Земли один за другим, не оставляя шансов на сопротивление.
В центре крепости скрыта самая опасная и разрушительная бомба — Дезариум, способная уничтожить не половину планеты, а потенциально и больше, включая окружающее космическое пространство. Империя без устали угрожает применить это оружие в случае нападения. Тем временем Ямато преодолевает Черную Туманность и оказывается в области, напоминающей Млечный Путь — Белую галактику, где команда получает сигнал с неизвестной планеты, весьма похожей на Землю.
После высадки на эту планету их встречают трое представителей Империи Черного Небулана: женщина по имени Сада, обладающая человеком сходством, и двое офицеров. Позже перед экипажем появляется император Скальдарт, также человекоподобный. Он раскрывает, что Ямато действительно вернулся в Млечный Путь в 2402 году, а так называемый Вихрь был временной дырой, через которую происходили перемещения во времени.
Скальдарт объясняет, что последние двести лет Земля находилась под гнетом Черного Небулана, а он сам является лишь марионеточным королём. Он демонстрирует Кодая и другим членам команды коллекцию редких артефактов и шедевров земного искусства, а Ямато с помощью видеотехнических средств сканирует всю поверхность планеты, чтобы найти все важные ориентиры.
Император показывает устройству, способному просмотреть любую эпоху в истории, демонстрируя историю Ямато с 2199 года до текущих событий. Еще более тревожным является показ будущих событий: в 2402 году Ямато станет целью вражеского флагмана «Гродазе» и будет уничтожен в орбитальном бою над Землей.
Экипаж корабля оказывается подавлен этим открытием, кроме Саши — молодой женщины, которая, похоже, осознаёт свою предназначенность. Она покидает своих товарищей и остается на Земле, оккупированной империей, где в видении ей явилась мать Старша. Мать сообщает, что Саша родилась между Искандаром и Землёй и её судьба — служить обоим миру, но умереть далеко от них.
Саша чудом выживает во время возгорания на поверхности планеты и скрывается на нижних уровнях. Там она обнаруживает центральный командный пункт и отправляет сигнал Ямато с важной информацией: чтобы обезвредить Дезариум, необходимо пройти к его ядру через огромный канал, который она готова открыть. В ответ Скальдарт предупреждает, что любые попытки вмешательства приведут к подрыву гиперновой бомбы и гибели всего живого на планете.
Взрыв вызывает цепную реакцию, и Ямато срочно совершает разворот на 180 градусов, пытаясь покинуть внутренние камеры комплекса. Их аварийный выход приводит к столкновению и активации нестабильного гравитационного поля между двумя частями Двойной Галактики. Это столкновение запускает процесс формирования новой галактики — уникальное космическое явление, ознаменовавшее нового этап в судьбе вселенной.
Стоит отметить, что аниме преподносит множество научно-фантастических концепций, включая путешествия во времени, коллапс пространственно-временных структур и влияние массового оружия на космос. Также раскрываются мотивации персонажей, связанные с долголетней борьбой за свободу Земли и сохранением баланса в двойной галактике, что придаёт истории глубокий философский и эмоциональный подтекст.
