Наконец завершилась длительная и кровопролитная война между людьми и боевыми машинами-механоидами. Эти могучие механические существа долгое время доминировали над человечеством и контролировали планету Земля, став причиной миллионов жертв и разрушений. Несмотря на это, сегодня удалось установить хрупкое перемирие, и обе стороны выжидают момент для следующего шага.
Адмирал флота людей по имени Зеро — молодой, но опытный боец, прошедший через все ужасы космических сражений. Потеряв во время войны свою семью, Зеро посвятил жизнь службе в военном флоте и защите оставшихся территорий Земли. Сейчас он командует буксирным судном, выполняя как боевые, так и вспомогательные задачи. Однако однажды его судно подверглось нападению известного пиратского корабля под названием «Тень смерти». В неравном бою команда Зеро потерпела поражение, что серьёзно подорвало боевой дух и репутацию адмирала.
Несмотря на этот неудачный опыт, Зеро получает новое важное задание: захватить самого опасного и легендарного космического пирата Харлока, который внушает страх всему галактическому сообществу. Неожиданно выясняется, что именно перед этим пиратом Зеро уже потерпел поражение в предыдущем бою. Теперь он настроен решительно и не намерен допустить повторного поражения.
Под знаменем независимого флота и с отборной командой, состоящей из как людей, так и высокотехнологичных машин, Зеро отправляется в опасную экспедицию на поимку Харлока. Ему предстоят сложнейшие испытания и столкновения не только с пиратом по прозвищу «Смерть», но и с тенями прошлого, которые угрожают разрушить его волю. В этой миссии от успеха зависит не только судьба самого адмирала, но и стабильность всего человечества.
Стоит отметить, что битвы между людьми и механоидами привели к созданию новых технологий, включая усовершенствованные боевые интерфейсы и искусственный интеллект, которые теперь активно используются в космических флотах обеих сторон. Харлок же славится не только своей военной мощью, но и хитростью, умением предугадывать ходы противника и своеобразным кодексом чести, который отличает его от обычных преступников космоса.