В будущем человечество значительно расширило свои пределы обитания, освоив новые планеты и колонии за пределами Солнечной системы. Однако мечта о полном космическом господстве оказалась иллюзией, когда на поселения стали нападать таинственные существа из глубин космоса, получившие название Жертв. Эти агрессивные создания обладали необычайной силой и непредсказуемым поведением, что привело к гибели множества колоний и утрате многих научных и технических достижений человечества. В итоге лишь одна планета осталась под надежной защитой.
Для охраны этой последней надежды — планеты Зион — были созданы пять гигантских боевых роботов класса «Богиня». Эти машины отличались не только мощным вооружением, но и уникальными интеллектуальными системами, основанными на сверхчувствительных нейросетях. Управлять ими могли лишь избранные подростки мужского пола, генетически предрасположенные к синхронизации с боевыми системами. Чтобы выявить и подготовить таких пилотов, была основана престижная академия, где тренируют не только пилотов, но и их напарников — технических специалистов-механиков.
Зеро Энна — один из новых учеников академии, приезжающий с твёрдым намерением стать пилотом Богини, которая однажды спасла его родную колонию от полного уничтожения Жертвами. Судьба распорядилась так, что именно Зеро удалось пережить редчайший и опасный опыт синхронизации с одной из Богинь, который считался невозможным. Выжив после этого инцидента, он получил шанс пройти обучение и принять участие в ожесточённой борьбе с космической угрозой. В процессе он сталкивается с неожиданными открытиями и раскрывает тайны происхождения Жертв, а также истинное назначение роботов «Богиня», что может изменить будущее человеческой цивилизации.
