История происходит в Эдо Эра, мире сёгуната Токугава. В том мире существуют крадущиеся в темноте, Хируко ниндзя. Им суждено жить во тьме и умереть во тьме. Однако, если силу Камня Дракона, который был передан Хируко в древние времена, добавить к силе Жрицы Света, то народ Хируко получится вывести на свет. Ниндзя строят планы по захвату бесценной реликвии, хранящейся в затерянной деревеньке в горах.
Четырнадцать лет спустя после победы над бессмертным воином Химуро Генмой и срывом злых планов Темного Сёгуна, Кибагами Дзюбэй продолжает бродить по Японии, показывая свое искусство фехтовальщика. Во время путешествия он встречает Шигуре, жрицу, которая никогда не выходила за пределы своей деревни.
Но группа демонов разрушает деревню и убивает всех жителей. Дзюбэй находит смертельно раненого старого знакомого, который отдает ему драгоценную реликвию — Камень Дракона. Дзюбэй становится главной мишенью темных сил.
Между тем, Шигуре вместе с монахом Дакуаном и молодым вором по имени Цубуте — отправляется в деревню Ягью. Несмотря на два демонических клана, которые охотятся на Шигуре, Дакуан должен встретиться с Дзюбэем и защитить Жрицу Света.
Дзюбэй, вероломно пораженный отравленным клинком, на время обессилен. Темные силы должны атаковать.
