Ответвление основного сюжета. Действие всей франшизы происходит в двадцать втором веке, когда гуманоидные киборги — в данной вселенной используется термин «реплоиды» — стали частью повседневной жизни. А произошло это после знаменательного события, когда некий доктор Кейн обнаружил законсервированную лабораторию доктора Томаса Лайта и активировал его изобретение — киборга «Rockman X», впоследствии назвавшегося Иксом.
Икс стал основой для производства реплоидов — разумных, способных к обучению, однако, в отличии от Икса, не обладающих способностью сопереживать. Ближе всего к приобретению этой способности подошёл реплоид Зеро, развивший у себя навыки дедукции, благодаря которым он может «моделировать» логику преступников. Они вместе с Иксом работают в местном аналоге полиции — охотниками на иррегуляров.
Иррегуляры — реплоиды или роботы, чей алгоритм работы был нарушен, вследствие чего они «сошли с ума» и стали опасны для общества. Задача охотников — найти и обезвредить данных субъектов, что чаще всего приравнено к уничтожению. На последнем задании становится известно, что иррегулярами управляют извне, но герои не могли предположить, что это известие ознаменует конец человечества.
