Доктор Хидео Лайт проживает вместе с дочерью в небольшом городе под названием Силикон-Сити, где мирная жизнь людей постоянно нарушается появлением различных роботов. Эти механические создания стремятся интегрироваться в общество, но далеко не все из них готовы уживаться с людьми.
Сам доктор Лайт — талантливый ученый и изобретатель, посвятивший свою жизнь разработке передовых технологий в области робототехники. Для защиты города он создает уникального андроида, которого называет Аки. Внешне Аки выглядит как обычный школьник, что помогает ему легко сливаться с окружением. Для доктора он становится не просто экспериментом, а словно настоящий сын, а для жителей города — героем и защитником.
Особенность Аки заключается в его многофункциональном «разумном» программном обеспечении, которое наделяет его сверхчеловеческой силой, мастерством владения различным оружием и способностями к адаптации в бою. Используемая им нано-броня обеспечивает защиту от мощнейших атак, а встроенная технология позволяет копировать и использовать умения других роботов, что делает его практически неуязвимым противником.
Проблемы начинаются, когда в Силикон-Сити появляются роботы-изгои, отвергающие сосуществование с людьми. Они считают свои цели и ценности выше человеческих и часто предпринимают агрессивные нападения на жителей города. Эти конфликты ставят под угрозу безопасность всех обитателей Силикон-Сити.
В этой сложной обстановке Аки Лайт становится спасителем человечества и превращается из обычного школьника в супергероя Мегамена. Его способности и высокотехнологичная броня позволяют отражать атаки врагов и защищать мирных жителей. В бою ему помогают не только семья доктора Лайта, но и верный робот-пёс по имени Раш, обладающий высокой скоростью и боевыми навыками. Вместе они создают непобедимую команду, борющуюся за мир и справедливость в мире, где границы между людьми и машинами становятся все более размытыми.