Действие происходит в далёком будущем, когда Земля оказалась практически разрушена вследствие глобальной катастрофы, затронувшей всю планету. Благодаря гению одного человека, начался медленный процесс восстановления планеты с помощью передовых механических технологий. За тысячу лет кропотливого труда удалось создать искусственные экосистемы и механизированные структуры, которые обеспечивают комфортное проживание для миллионов людей на новой, так называемой Новой Земле.
Главный герой истории — юноша по имени Наото Миюра, обычный старшеклассник, который теперь проживает в одном из мегаполисов Новой Земли. Его жизнь кардинально меняется, когда на его дом загадочным образом падает таинственный чёрный ящик. Внутри него Наото обнаруживает девушку-дроида по имени Рюзо. Этот робот ведёт себя странно и явно работает с неисправностями, что вызывает у героя желание помочь ей восстановиться.
Рюзо, пробудившись, сразу воспринимает Наото как своего хозяина и обязуется выполнять все его желания, хотя сам он ещё не осознаёт, какие именно желания может иметь. Со временем Наото узнаёт, что этот дроид был создан много веков назад для особой миссии, связанной с возрождением человечества и сохранением знаний древней цивилизации. Помимо этого, Рюзо обладает уникальными способностями к самообучению и адаптации, что становится ключом к разгадке многих загадок прошлого и настоящего Новой Земли.