Действие разворачивается в эпоху стремительного научно-технического прогресса, когда медицина достигла невиданных высот и начала внедрять генные технологии в жизнь человечества. В результате появились люди с изменённым генным кодом — так называемые Координаторы, обладавшие улучшенными физическими и интеллектуальными возможностями по сравнению с обычными людьми.
Генные модификации чаще всего проводились ещё в раннем детстве, чтобы дети быстрее росли, были сильнее, умнее и выносливее. Это вызвало существенное социальное напряжение: обычные, природные люди, получившие название Натуралы, относились к Координаторам с подозрением и недоверием. Возникшая вражда постепенно перерастала в открытый конфликт, который вылился в масштабную войну.
Противостояние развернулось между двумя фракциями — улучшенными Координаторами и природными Натуралами. Главным героем этой истории становится Кира Ямато, молодой Координатор, который случайно оказывается вовлечённым в кровопролитные события и становится пилотом легендарного боевого робота Gundam. Хотя Кира изначально не симпатизирует ни одной из сторон и лишь желает примирения, его верность друзьям и искренняя преданность заставляют его сражаться за тех, кого он любит.
Важной темой сериала является не только борьба технологий и природы, но и поиск мира сквозь противоречия, а также вопрос, насколько человечность проявляется в эпоху механизированных войн. Будет ли победа на стороне Натуралов с их природными способностями или же трансгуманистически усовершенствованных Координаторов — остаётся интригующим вопросом. Кроме того, зрителю предстоит увидеть множество приключений, дружбы, предательства и моральных дилемм, которые делают сюжет ещё более глубоким и захватывающим.
