Томонори Иваки — пятнадцатилетний старшеклассник, учащийся на третьем курсе. В отличие от сверстников, его не тянет к девочкам его возраста: ему больше нравятся девушки постарше, а иногда даже взрослые женщины. Томонори без памяти влюблен в одну из своих учительниц. Однако узнав, что она скоро выйдет замуж, он впадает в печаль и возвращается домой, где его ждет неожиданная новость — участие в правительственной программе.
Суть этой программы — вступление в брак с двенадцатилетней девочкой по имени Ризель. Однако Ризель далеко не обычный ребёнок. Она стала первым человеком, созданным с помощью генной инженерии, что делает её уникальным экспериментом. Создатели Ризель, которые называют себя её «отцами», заключили сделку с родителями Томонори, по которой они помогут выплатить ипотеку семьи, если разрешат Ризель и им самим жить с ними.
В отношениях между Томонори и Ризель сразу возникает напряжённость: он часто называет её идиоткой, что приводит девочку в слёзы. Но слёзы Ризель необычны — они содержат взрывоопасные вещества, из-за чего дом постоянно нуждается в ремонте после подобных «инцидентов». Несмотря на все попытки Ризель завоевать сердце Томонори, он продолжает любить только свою учительницу.
Позже раскроется важная тайна: Ризель на самом деле гораздо старше Иваки, и в детстве он был в неё влюблен. Эта правда переворачивает его представления о чувствах и заставляет понять, что именно Ризель была той самой «старшей женщиной», которая привлекала его внимание.
История Томонори и Ризель не просто романтическая драма, а также затрагивает темы этики генной инженерии, социальных обязательств и сложности взросления. Программа, в которой участвует Томонори, отражает попытки правительства экспериментировать с новыми формами семейных отношений и современными биотехнологиями, что приводит к неожиданным и порой опасным последствиям.
Кроме того, в повествовании поднимаются вопросы эмоциональной зрелости и принятия себя и других, а также то, как прошлое влияет на настоящее и формирует будущее отношений между героями.