В центре событий оказывается очередное приключение отважного Наруто. История начинается в тот момент, когда герою и его верным друзьям поручено поймать хорька. Казалось бы, справиться с таким заданием не составит труда. Однако происходит непредвиденное и на ребят нападают ниндзя. Ожесточенная схватка лишает ребят сил, в результате чего Наруто приходится отделиться от них. Он пускается в далекое путешествие, чтобы выяснить причины случившегося и выяснить личность очередного врага. Ему становится о том, что существует некая сила, могущество которой способно на невероятные вещи. Она совсем не связана с чакрой, имеет другое происхождение.
Пареньку также становится известно о таинственной цивилизации, которая исчезла некоторое время назад. Неизвестная корпорация пытается установить свои законы, погрузить мир в состояние вечной утопии. Герой понимает, что просто обязан повлиять на сложившуюся ситуацию и постараться все изменить. Злодей черпает силу из магических кристаллов, придающих ему дополнительную мощь. Наруто предстоит объединить усилия с друзьями, чтобы попытаться одолеть врага и не дать ему осуществить коварные замыслы. Сделать это будет не так просто, ведь противник очень умен.
