Наруто Узумаки вместе со своими союзниками-ниндзя отправляется на важную миссию — поймать Мукаде, коварного злодея, жаждущего захватить власть с помощью древних сил. Их поиски приводят их в заброшенный город Лоран, разрушенный и окутанный тайнами. Именно здесь Мукаде намерен добыть могущественную энергию Лей, скрытую в недрах города. В ходе схватки с Мукаде Наруто неожиданно попадает в яркий луч света и оказывается перенесённым на двадцать лет назад, в незнакомое время и место. Его первые испытания — сражение с роботами-автоматами, охраняющими руины Лорана.
В этом прошлом Наруто встречает Сару — молодую и мудрую королеву, которая некогда правила Лораном и его легендарными Башнями Силы, источниками огромной энергии. Сара оказалась в смертельной опасности: ее преследуют враги, желающие завладеть властью над городом и тайными силами. Наруто приходит ей на помощь, демонстрируя своё мастерство и решимость.
Однако под городом скрывается мрачная тайна — целая армия живых кукол, созданных с помощью темной магии. Настоящие жители Лорана находятся под действием заклинания, лишены свободы воли и живут в плену колдовства. Тайные козни Мукаде направлены именно на контроль этой энергии и манипуляцию судьбами людей. Теперь Наруто предстоит помочь Саре защитить город от надвигающейся угрозы, а также найти способ вернуться в своё время. В этом ему помогают ниндзя из того далёкого прошлого — среди них оказывается и отец Наруто, о существовании которого герой узнал впервые.
Тем временем в настоящем друзья Наруто не остаются в стороне и готовятся прийти к нему на помощь в критический момент. Вместе им предстоит решить непростую задачу: как избежать парадоксов времени и не повлиять негативно на будущее, меняя события прошлого. Эта борьба за судьбу Лорана и собственной эпохи станет испытанием не только для силы ниндзя, но и для их мудрости, верности и способности к самопожертвованию.