Молодой Наруто вновь оказывается втянут в цепь опасных и захватывающих событий. На этот раз его обвиняют в убийстве нескольких шиноби, из-за чего он попадает в суровые тюремные условия. В заточении героя ждут испытания не только физического, но и морального характера. Управляющий тюрьмой Муи — далеко не простой человек. Он применяет особую власть, лишая заключенных не только свободы, но и постепенно забирая их жизненную силу, что приводит к их ослаблению и безысходности.
Наруто быстро понимает, что оставаться в таких условиях опасно для жизни, и необходимость побега становится отчаянно актуальной. Он решительно пытается доказать свою невиновность, используя все возможные способы, включая взаимодействие с сокамерниками и анализ происходящих событий. Вскоре ему становится известно о существовании загадочного ящика, обладающего силой влиять на сознание людей и заставлять их действовать против своей воли. Этот артефакт, по всей видимости, связан с теми темными событиями, которые и привели Наруто в тюрьму.
Юноша начинает подозревать, что его подставили, и только получив контроль над ящиком, он сможет не только оправдаться, но и изменить ход событий. Ему придется проявить незаурядную смекалку, мужество и силу духа, чтобы заполучить этот артефакт и обрести свободу. Кроме того, в ходе своих поисков Наруто сталкивается с новыми персонажами, некоторым из которых он сможет довериться, а другие окажутся хитрыми противниками. Этот этап испытаний становится одним из самых значимых в его становлении как ниндзя и личности.