Действие сериала разворачивается в XXII веке, через два с половиной года после событий, показанных в предыдущем анимационном проекте о Фафнире — «Небо и Земля». Вследствие масштабного вторжения на Землю инопланетных существ началась масштабная война за выживание человечества. Нападавшими оказались загадочные существа под названием Фестумы — безжалостные и хитроумные агрессоры, обладающие передовыми биотехнологиями и смертоносным оружием нового поколения. Их цель — подчинить весь живой мир и объединить его в единую темную сущность, лишённую всякого сострадания.
Почти все города и поселения человечества были разрушены в ходе этих боевых действий, и оставшиеся в живых люди оказались на грани отчаяния, не имея сил и ресурсов для сопротивления захватчикам. Тем не менее, существует плавучий остров Тацумия, который благодаря особым технологиям и защитным системам смог скрыться от внимания Фестумов. Первоначально жители Тацумии стремились избежать участия в конфликте, сохранив мир и безопасность для своих детей, но с временем оборонительные системы острова были серьезно повреждены, что поставило их под угрозу вторжения.
Для усиления обороны и возрождения надежды на победу было принято решение разместить на Тацумии команду ученых. Эти специалисты погрузились в исследования и эксперименты, направленные на создание боевых механизмов, способных противостоять Фестумам. В результате изнурительных и рискованных генетических и технологических экспериментов были созданы гигантские боевые роботы — Фафниры, уникальные машины, способные эффективно сражаться с врагом. Однако использование таких технологий не прошло без жертв и моральных дилемм: цена сопротивления оказалась высока, а решения ученых повлияли на судьбы многих людей. Сериал раскрывает тему борьбы, жертвенности и человечности на фоне межзвездного конфликта.
