Набирает силу грандиозное противостояние между разумом и магией, и ведущие ученые Академии без колебаний выбирают путь, где цель оправдывает любые средства. Для них люди, оказавшиеся случайными жертвами в ходе подготовки к предстоящему бою, воспринимаются лишь как расходные материалы — неизбежные издержки в жестокой механике военных экспериментов.
Микото Мисака и ее друзья возвращаются в студенческий городок Академии, чтобы выяснить источник тревожных слухов, распространяющихся среди студентов. Вскоре Микото раскрывает ужасающую правду: по всему городу проводятся жестокие эксперименты, в том числе массовые убийства тысяч эсперсов. Более того, эти жертвы — не просто особые люди, а клоны самой Микото, созданные для таинственного проекта. Осознавая свою косвенную причастность и ответственность, Микото решает положить конец этим зверствам. Однако противостоящие ей силы гораздо могущественнее, чем она могла предположить: ей предстоит столкнуться с одними из самых сильных и безжалостных эспов, известных в Академии.
На поверхности студенческий городок сохраняет видимость спокойствия и порядка, но за фасадом тихой жизни скрываются мрачные тайны и невыносимые страдания. Микото отчаянно борется не только за справедливость, но и за искупление собственной вины — ведь именно благодаря ей эти бесчеловечные эксперименты стали возможными, пусть и невольно. Да, в Академии никогда не бывает скучно, однако никто не предупреждал, что борьба за жизнь и свободу обернется таким мрачным кошмаром.
Стоит добавить, что эксперименты связаны с попытками объединить научные достижения и магические способности, что еще больше усугубляет ситуацию. Создание клонов Микото стало результатом секретного проекта, направленного на создание идеального эсперса — существа с силой, превосходящей обычных людей. Это порождает этические и моральные вопросы, на которые Академия готова закрыть глаза ради научного прогресса и военной мощи.