В 23-м веке человечество расширило свои горизонты, колонизировав Марс и Луну. Подобно тому, как в 18-19 веках Австралия стала местом ссылки каторжников с Земли, марсианские поселения в основном населены заключёнными, отправленными туда за преступления. Управляет марсианской колонией жесткий и бескомпромиссный диктатор Хаззард Паша, который тщательно проверяет каждого новоприбывшего и решает, станет ли он солдатом марсианской армии или будет трудиться на производстве и в шахтах. Также известно, что на Луне были созданы специальные научно-исследовательские базы, где ведутся разработки технологий для terraforming — преобразования пустынных ландшафтов планет в пригодные для жизни зоны.
Главный герой истории — 16-летний Джо Майя, который вырос на Марсе и мечтает вернуться на Землю, где осталась его семья. Его лучшие друзья — Майк Кайл и Дженни Ай — вместе с ним разделяют надежду на лучшую жизнь. Однажды во время разведывательной вылазки Джо и Майк сталкиваются с разрушенным космическим кораблём Xenos 5, подвергшимся нападению гигантских боевых роботов. В попытке избежать преследования Джо прячется на борту корабля и встречает странных и загадочных человекоподобных пришельцев: прекрасную принцессу Ромину, её загадочную призрачную служанку Джейд и молодого, но опытного генерала Исландера — лидеров сопротивления своей родной планеты.
Во время продолжавшейся битвы Джо находит убежище в куче светящегося металла, который оказывается ниндзя-роботом по имени Черный Лев. На помощь приходит ещё более загадочный и могущественный робот-ниндзя по имени Кибертрон, обладающий уникальными боевыми возможностями. Его появление полностью меняет ход сражения, позволяя уничтожить конкурирующих роботов-нападавших и спасти союзников.
После ожесточённого боя Джо, Майк и Дженни оказываются на инопланетном судне. Пришельцы рассказали, что они прибыли с далёкой планеты Ладорио, расположенной в другой галактике, где уже много лет ведётся война с захватчиками из армии Забума. Забум — тиран с имперскими амбициями, стремящийся покорить все обитаемые миры в своей расширяющейся империи. Ладорианцы ищут поддержки у цивилизаций Млечного Пути, надеясь объединить силы против общего врага. Узнав, что Джо и его друзья обладают способностью управлять роботами-ниндзя, инопланетяне просят их помочь в борьбе. В ходе совместных приключений молодые герои завоюют новых союзников и встретят опасных врагов, а также раскроют загадочную природу Кибертрона — последнего из древней расы хранителей, способных поворачивать ход межгалактических войн.
