Гэккокан — частная академия, в которую главный герой перевёлся для продолжения учёбы, не подозревая, насколько опасны могут быть эти стены. Едва поступив, он столкнулся с загадочным существом, известным как «Тень», которое внезапно напало на него на территории школы. Это первое столкновение с неизвестным монстром открыло герою скрытую в нём силу — способность вызывать Персону, мистическое проявление внутреннего «я», обладающее могущественными боевыми навыками.
Члены тайного клуба SEES (Specialized Extracurricular Execution Squad), действовавшего в академии, сразу заметили этот дар. Уже долгое время они искали человека с такими способностями, способного противостоять и уничтожать Тени — создания, угрожающие миру людей. Главной задачей было помочь новичку овладеть своей силой и контролировать Персону, чтобы стать полноценным бойцом в их рядах. Герой, хотя и с сомнениями, принял предложение вступить в SEES, понимая, что самостоятельно справиться с подобной силой без их помощи практически невозможно.
До этого момента он не имел ни малейшего представления о своей сверхъестественной природе или происхождении сил. Вступление в SEES открыло перед ним двери в мир опасных тайн, сложных сражений и глубоких личных откровений. Его приключения не только связаны с борьбой против Теней, но и с постепенным пониманием собственного внутреннего мира и природы Персоны, которую ему ещё только предстоит освоить и направить во благо.