Продолжение саги о борьбе группы SEES с чудаковатыми монстрами, которых все называют «Тени». Противостояние между ними практически подошло к концу. Главный персонаж, молодой человек по имени Макото на первый взгляд обычный учащийся местной школы. Но на самом деле, парнишка один из главных агентов SEES. Ему, и другим агентам поручено важное исследование отрезка времени после двенадцати часов ночи.
Каждую ночь агенты выходят на свое задание, чтобы в итоге они могли победить Темный час. Только в это время они могут отправиться в башню Тартар. В ней обитают монстры, которые из-за чрезвычайной высоты башни получили возможность управлять городскими жителями. Парень еженощно сражается с тенями, чтобы люди в его городе могли спокойно жить. Он готов даже расстаться с собственной жизнью ради них.
Однажды, в окружении главного героя появляется новый соратник. Его зовут Рёджи Мочизуки, и по его словам он приехал в качестве учащегося, по обмену.
Вскоре между дружными членами команды начинает нарастать напряжение. Но Шестерни судьбы уже начали свое вращение, и продолжает это делать с каждым новым рассветом. Возможно вскоре кого-то из близких команды ожидает смерть.
