Основная сюжетная линия мультфильма разворачивается в момент, когда Мьюту вместе с другими супер-покемонами обрели укромное и безопасное место для жизни — регион Джото. Этот живописный уголок отличается кристально чистыми реками и величественными горами с белоснежными вершинами. Здесь царит гармония, и никто не угрожает покоям обитателей, которые ранее сталкивались с жестокостью и конфликтами человеческого мира. Люди в районе Джото давно забыли о клонах и тех событиях, связанных с грандиозной битвой покемонов, где Мьюту сыграл ключевую роль.
Однако один человек всё ещё не забыл те события — сам создатель Мьюту. Исполненный злобы и разочарования из-за сложившейся ситуации, он тайно готовит план полного уничтожения всех клонов, желая стереть их существование с лица Земли. Используя свои обширные связи, этот злодей обнаруживает скрытое убежище, где обитают Мьюту и его товарищи. Не ведая о надвигающейся опасности, супер-покемоны продолжают жить в мире и спокойствии.
План злодея обретает ход, когда он начинает работу по реализации своего намерения, в то время как Эш с Пикачу и верными друзьями также оказываются в Джото, готовые поддержать своих покемонских союзников. Важной особенностью Джото является его богатая история: этот регион впервые появился во втором поколении игр Pokémon и символизирует переходный этап в развитии вселенной покемонов, предлагая новые виды, легендарных существ и уникальные локации. Смогут ли друзья остановить создателя Мьюту и спасти мир покемонов от угрозы — покажет дальнейшее развитие событий.
