Это полнометражное аниме в жанре киберпанк служит продолжением сюжета перезапуска культового сериала 2002 года, который, в свою очередь, основан на классической одноимённой манге. События разворачиваются в середине XXI века, когда человечество достигло прорыва в технологии интеграции человеческого сознания с всемирной сетью. Благодаря этому появился новый тип существ — кибернетические тела с живым сознанием, открывающие необычные возможности и одновременно создающие новые вызовы.
Переселение сознания из биологического тела в киборг-тело стало для многих привычной практикой: кто-то выбирает это как способ продлить жизнь или улучшить свои возможности, а для других — это вынужденная мера из-за травм или болезней. Такая трансформация приносит с собой серьезные риски — личность можно «взломать» и изменить, подобно компьютеру. Главная героиня, Матоко Кусанаги, воплощение человека в киборг-оболочке, служит в Девятом отделе Государственной безопасности — спецподразделении, созданном для борьбы с киберпреступностью, направленной против людей и их сознаний.
Однако внезапный уход Кусанаги с государственной службы вызывает подозрения: оказывается, она занимается собственным расследованием, ведя тайную игру на стороне неизвестного заказчика. Эта ситуация усугубляется появлением нового серьёзного вызова — загадочного террориста, который совершает самоубийство под воздействием смертоносного наркотика, созданного продвинутым хакером, скрывающимся под псевдонимом Кукольник. Этот персонаж способен манипулировать сознанием жертв, что обращает на себя внимание и сил безопасности, и тёмных сил, затрагивая глубокие темы свободы личности и границ технологий.
Кроме того, в этом мире активно обсуждаются вопросы этики и идентичности — что значит быть человеком в эпоху, когда тело может быть заменено машиной, а сознание — программой. Аниме поднимает философские темы, связанные с сознанием, памятью и правами искусственных интеллектов, что делает его не только захватывающим киберпанковским триллером, но и глубоким размышлением о будущем человечества в эру цифровых технологий.