Двухсерийный обзор ключевых событий второго сезона разворачивается в далёком будущем, где после завершения Четвёртой Мировой Войны человечество достигло нового уровня технологического прогресса. Теперь люди могут переносить своё сознание в киберпространство и обитать в роботизированных телах. Такая технология позволила многим избежать смерти и получить новые возможности, однако привела и к новым социальным и этическим вызовам. Например, главная героиня Макото Кусанаги стала андроидом ещё в девять лет после серьёзной аварии, которая лишила её возможности существовать в обычном теле. Со временем она обновила своё андроидное тело до взрослого варианта и поступила на службу в Девятый Отдел Общественной Безопасности.
Девятый Отдел специализируется на борьбе с новыми формами преступлений, связанных с кибернетическими технологиями и сознанием. Хакеры получили способность взламывать не только устройства, но и сознание людей, проникая напрямую в их подсознание через роботизированные тела. Это открыло опасное направление киберпреступлений, среди которых особенно опасно насилие, приводящее к физическому ущербу или вынуждающее жертву перейти в андроидное тело для спасения жизни. Часто такие преступления связаны с торговлей органами и эксплуатацией уязвимых людей.
В то же время около трети населения планеты активно противостоит полной интеграции человека и машины, выступая за сохранение человеческой индивидуальности и границ между биологическим телом и искусственным интеллектом. На фоне растущих разногласий и социальных конфликтов происходит беспрецедентное событие, которое потрясает весь мир и заставляет Девятый Отдел полностью сосредоточиться на расследовании этой новой угрозы. Это событие вскрывает глубокие противоречия между технологическим прогрессом и философскими вопросами о сущности человека, открывая новые линии сюжета и раскрывая сложные моральные дилеммы.