Конец XXI века. Экологическая обстановка на планете достигла критической точки: загрязнение атмосферы и стремительное истощение природных ресурсов поставили человечество на грань исчезновения. В попытках предотвратить полный крах и сохранить экономическую стабильность, правительства по всему миру ввели строгие налоги на выбросы углекислого газа. Эти меры позволили немного замедлить деградацию окружающей среды, но не решили проблему полностью.
Из-за резкого ухудшения качества воздуха и дефицита кислорода люди были вынуждены искать новые формы существования. Так возник город-утопия Атлас — огромный летающий мегаполис, парящий над Токио. Атлас стал символом технологического прогресса и надежды на спасение человечества, где сосредоточились политические и административные силы. Город управляется жесткой и амбициозной Реко — харизматичной, но бескомпромиссной лидершей, чьи методы вызывают неоднозначные оценки.
Однако среди этой напряжённой обстановки появилось светлое лицо — Карин, талантливый инженер и изобретательница. Она создала революционную машину «Медуза», способную эффективно очищать воздух, а также ряд других биотехнологичных устройств, которые могли бы изменить ход экологического кризиса. Её разработки стали лучиком надежды для будущих поколений.
Тем временем на земле, в разрушенном и перенаселенном Токио, сформировалась оппозиционная группировка «Железный век». Они выступали против правительственных налогов и стремились перевести цивилизацию на полностью биотехнологичный уклад жизни, считая, что это единственный путь к спасению планеты. Понимая, что своими силами им не справиться, они освободили из тюрьмы Кунико — внучку их лидера, обладающую невероятными стратегическими и физическими навыками.
Власти Атласа быстро узнали о восстании и направили против движения специальный отряд под командованием опытного майора Кусанаги. В ходе противостояния стало ясно, что только объединив усилия — Кунико на земле и Кусанаги в небе — можно найти компромисс и остановить надвигающийся экологический апокалипсис. Совместно им предстоит разрушить порочный круг конфликтов и найти путь к восстановлению природы, ведь будущее планеты зависит от их согласованных действий и способности к инновациям.