Мультфильм рассказывает о событиях, происходящих после свадьбы Шрека и Фионы. Влюблённые наслаждаются романтическим медовым месяцем, а затем возвращаются на своё родное болото, которое планируют превратить в совместный дом. Внезапно на их территорию прибывают гонцы из Тридевятого королевства — родины Фионы. Король и королева приглашают молодожёнов в королевство, чтобы дать им своё благословение и официально принять Шрека в семью.
Шрек изначально не горит желанием ехать в королевский замок, но Фиона убеждает его принять приглашение и наладить отношения с её родителями. Однако, прибыв в королевство, супруги сталкиваются с холодным приёмом: родители Фионы ожидали, что она выйдет замуж за принца-человека, и воспринимают Шрека, являющегося огрём, с недоверием и даже презрением. Такая ситуация заставляет Шрека сомневаться в собственном месте рядом с Фионой и грезить о том, чтобы стать человеком, способным завоевать признание её семьи.
В это время Шрек узнаёт о существовании Феи-крёстной — могущественной волшебницы, которая помимо добрых поступков скрывает корыстные мотивы. У неё в лаборатории хранились волшебные зелья, одно из которых могло превратить Шрека и Фиону в обычных людей, что, по легендам, способствовало долгой и счастливой жизни. Поддавшись надеждам на лучшее будущее, Шрек выпивает зелье, не подозревая о сложностях и последствиях, которые за этим последуют. Фея-крёстная же тайно рассчитывала, что Фиона выйдет замуж за её сына, принца Чарминга, и готова на любые хитрости, чтобы реализовать свои планы.
Интересно отметить, что сиквел мультфильма раскрывает не только внутренние переживания героев, но и затрагивает темы принятия своей идентичности, семейных ценностей и борьбы с предрассудками. Кроме того, в истории укрепляется важность взаимопонимания и принятия близких такими, какие они есть, несмотря на внешние различия и социальные ожидания.
