Действие второго фильма дилогии разворачивается в эпоху Реставрации Мэйдзи, когда Япония переживала масштабные перемены и переход от феодального строя к модернизации. Армия Императора была полностью модернизирована: вместо традиционных самурайских клинков теперь применялись эффективные огнестрельные ружья европейского образца. Несмотря на несломленный боевой дух самураев и мастерство фехтования, они оказались бессильны перед новыми технологиями и массовостью вооружённых сил противника. В то же время внутри Сёгуната происходили расколы и интриги, что дополнительно подрывало их сопротивление.
Противостояние между Синсэнгуми и западными войсками приобрело драматический размах. В масштабной и безжалостной войне противник использовал новейшие европейские наработки в области вооружений и тактики, продвигаясь вперёд, не щадя ничего на своём пути. Для усиления своих возможностей бойцы Синсэнгуми начали принимать экспериментальное зелье, разработанное доктором Юкимурой. Это средство значительно увеличивало физическую силу и скорость, но имело серьёзные побочные эффекты: чрезмерное употребление могло превратить воина в безумного кровожадного монстра, утратившего рассудок и человечность.
Несмотря на попытки усилить свои силы, антиимперское ополчение понесло тяжёлые потери и было вынуждено отступить к столице Эдо. Здесь они готовились к последнему решающему сражению, но моральный дух уже был подорван предательствами и внутренними конфликтами среди своих рядов.
Главная героиня Тидзура Юкимура раскрыла трагическую историю своей семьи, узнав правду о прошлом. Осознав всю тяжесть обстоятельств, она приняла твёрдое решение остаться с товарищами в отряде, поклявшись бороться до конца, несмотря на практически полное отсутствие надежд на победу. Добавим, что эпоха Реставрации Мэйдзи знаменовала конец веков самурайской власти и традиций, а также становление современной Японии, что отражено в фильме через столкновение старого и нового миров.