Данный мультфильм представляет собой одну из многочисленных адаптаций всемирно известного романа Жюля Верна, действие которого происходит во второй половине XIX века. Главная героиня — юная девочка, которая переодевается в мальчика, чтобы осуществить свою заветную мечту — попасть на борт большого морского судна. В те времена девочкам было запрещено путешествовать на кораблях, поэтому ей пришлось использовать этот смелый и продуманный трюк. Надев мужскую одежду, она тайно пробирается на корабль в самый последний момент перед его отплытием.
Когда корабль отходит от берега и тот исчезает из виду, героиня оказывается в открытом море, где ее обнаружение и высадка обратно на сушу становятся практически невозможными. Однако вскоре путешествие принимает неожиданный оборот: судно терпит крушение и начинает тонуть. К счастью, она и трое ее друзей находят убежище на загадочной подводной лодке, капитаном которой является знаменитый и таинственный Немо. Этот экипаж предлагает им остаться и присоединиться к невероятным подводным странствиям, наполненным открытиями и опасностями.
Подводная лодка капитана Немо — «Наутилус» — является одним из самых передовых и футуристических изобретений своего времени, способным погружаться на большие глубины и исследовать неизведанные морские глубины. В оригинальном романе Жюля Верна и во многих экранизациях «Наутилус» символизирует дух научного прогресса и стремление человека к познанию тайн природы. В мультфильме этот мотив дополнительно раскрывается через приключения главной героини и ее друзей, которые встречают необычайных морских существ и сталкиваются с различными преградами под водой.
