Главные герои мультфильма – отважные Черепашки-ниндзя: Рафаэль, Микеланджело, Донателло и Леонардо. Много лет назад они были воспитаны своим сенсеем – крысой Сплинтером для того, чтобы встать на защиту мира от злодеев. Им удалось победить своего врага Шредера, но после этого черепашки перестали быть семьёй: каждый из них стал жить самостоятельной жизнью.
Однако теперь миру вновь угрожала опасность. Неким Максимилианом Уинтерсом была создана команда монстров, вместе с которыми он собирался уничтожить сначала Нью-Йорк, а затем и весь мир. Кроме того, загадочный клан Фут мог подчинить Уинтерсу и самих Черепашек – в завоевании мира ему пригодилась бы их сила. Поэтому, как только Сплинтер узнал о коварных планах злодея, он вновь собрал всех Черепашек воедино.
Теперь главным героям мультфильма предстояло снова вступить в бой. В этом приключении им должны были помочь старые друзья – Кейси Джонс и обаятельная журналистка Эйприл О`Нил. Планы Уинтерса удивляли своим коварством, но и Черепашки были не так просты: они быстро вспомнили все боевые приёмы, которые успели подзабыть за годы спокойствия. Теперь их ожидали жестокие сражения, опасные приключения и невероятные победы.
