В результате облучения, четверо маленьких черепашек превращаются в мутантов. Друзья живут в городской канализации, берут уроки у мастера боевых искусств. Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло становятся настоящими ниндзя.
Каждый из них владеет определенным видом оружия, и вместе они непобедимая команда. Встреча с прекрасной журналисткой меняет жизнь черепашек-ниндзей. Они уже не раз попадали в удивительные приключения и боролись с врагом.
В этот раз героическую троицу и Эйприл ждут более опасные испытания. Главным героям придется спасать человечество от армии злобных монстров, созданных могущественным преступным синдикатом.