Главный герой этой истории — Кудо Шиничи, одарённый старшеклассник, который с юных лет проявил себя как талантливый детектив. Его выдающиеся аналитические способности и внимание к деталям позволяют ему раскрывать даже самые сложные преступления с поразительной точностью — уровень успеха его расследований близок к стопроцентному. За это Кудо получил прозвище «Детектив Конан». Однажды, прогуливаясь в городском парке, он заметил подозрительных людей, одетых полностью в чёрное, что сразу вызвало у него подозрения.
Решив проследить за ними, Кудо обнаружил, что эти люди намеревались совершить нелегальную сделку. Внезапно его поймали и ввели в организм неизвестное вещество — сильнодействующий экспериментальный наркотик, разработанный тайной преступной организацией. В результате действия яда тело Шиничи уменьшилось до детского размера, хотя разум остался взрослым. Теперь, скрываясь от преследователей и пытаясь найти лекарство от воздействия препарата, он продолжает заниматься расследованиями, используя псевдоним Конан Эдогава, заимствованный у персонажа из детективных рассказов.
Тем временем молодая девушка Ран Мори, близкая подруга и одновременно любовь Шиничи, испытывает тревожные предчувствия во сне. После пробуждения сбываются страшные события — люди, вовлечённые в увольнение её отца из полиции много лет назад, начинают погибать один за другим. Причём смерти происходят в порядке, соответствующем последовательности карт в колоде Таро, что наводит на мысль о тщательно продуманной серии преступлений. Только детектив Конан способен разгадать загадку этих убийств и раскрыть тайну давнего происшествия, объединяющего всех участников этой запутанной истории.
Стоит отметить, что кроме выдающегося ума, Кудо Шиничи обладает навыками боевых искусств, приобретёнными в школе кунг-фу, что не раз помогало ему в опасных ситуациях. Он также пользуется различными гаджетами, созданными его другом и талантливым изобретателем доктором Агасу, включая часы с транквилизатором и бесшумные волчки, которые играют важную роль в его расследованиях.
