Сюжет фильма разворачивается сразу после событий первого сезона «Приключений Дигимонов». Избранные дети, наделённые связью с цифровыми монстрами, возвращаются в реальный мир, где им приходится совмещать обычную жизнь: учёбу в школе, конфликты (особенно между Таити и Сорой), новые знакомства и путешествия. Однако спокойствие оказывается иллюзорным — вскоре Косиро находит в интернете загадочное яйцо дигимона, составленное из сбоев и системных ошибок.
Обеспокоенный аномалией, Косиро обращается к Таити, и вместе они пытаются наладить связь с цифровыми монстрами, чтобы понять природу странного создания. Тем временем из яйца вылупляется опасный дигимон-вирус, который начинает разрушать различные базы данных по всему миру, вызывая серьёзные сбои в экономике нескольких стран. Дигимоны выходят на контакт с Таити и Косиро, предупреждая, что новый враг абсолютно не поддаётся диалогу, не собирается останавливаться и проявляет враждебность даже по отношению к своим же.
Понимая технологическую беспомощность человечества перед таким противником, цифровые монстры решают помочь детям в борьбе с быстрорастущим вирусным дигимоном, который уже нанес ущерб телефонной сети и пытается получить контроль над ядерным арсеналом. Этот новый враг развивается с огромной скоростью и на каждом этапе становится сильнее своих собратьев. Преодолеть угрозу просто силой цифры не удастся: связь между избранными детьми нарушена, поэтому они не могут объединиться, а без их поддержки дигимоны теряют эффективность в сражении.
Фильм также вводит новые аспекты цифрового мира, такие как влияние хаоса системных ошибок на цифровую экосистему и возможность появления «коррумпированных» дигимонов, что расширяет вселенную и ставит перед героями новые вызовы. Важной темой становится необходимость командной работы и доверия между людьми и их цифровыми партнёрами, чтобы преодолеть надвигающуюся катастрофу.
