Алекс, Марти, Глория и Мелман – животные из Нью-Йоркского зоопарка, которые когда-то жили счастливой и беззаботной жизнью. Но теперь героям мультфильма пришлось прожить некоторое время на острове Мадагаскар, и они успели устать от этой жизни, поэтому решили вернуться обратно в Нью-Йорк. Но на корабле не осталось топлива, поэтому им пришлось заняться починкой потерпевшего крушение самолёта.
Когда они всё-таки отправились в путь на самолёте, самолёт пролетел совсем небольшое расстояние, вновь сломавшись где-то в Африке. Четвёрка пингвинов, которые и управляли самолётом, должны были починить самолёт, но на это должно было уйти время. Героям мультфильма ничего не оставалось, кроме как пробыть всё это время в Африке. В это время Алекс совершенно случайно встретился в Африке с собственными родителями, с которыми он был разлучен в далеком детстве.
Родители Алекса опознали его по родимому пятну и приняли его в прайд. Его отцом оказался глава прайда, лев по имени Зуба. Но у Зубы был враг – лев Макунга, который мечтал захватить власть в прайде, сместив Зубу. Много лет назад именно по вине Макунгы Алекс и был пойман браконьерами, из-за чего оказался в Нью-Йорке. Теперь Алексу предстояло доказать всем львам, что он заслуживает жить в прайде, а также помочь отцу противостоять Макунге.
